könnte es sein, daß das Netzteil eine positive und eine negative Spannung liefert? Und daß dann die PWM mal zur positiven und mal zur negativen Spannung schaltet?
Warum nimmst du nicht Mannis Lösung? Die ist doch gut

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E2000+ auf Raspberry Pi B; 4 x Multi-IO UP-Module; 1x Input Modul 2fach; 1 x Dimmer-Modul; 1x LCD-Modul (ungetestet)