So wie es aus sieht, ist der AVR ( ATmega644 ) nicht geflasht worden.

Wichtig ist: das du den ATmega644 und nicht den Atmega644P genommen hast !

Dann sollte "avrdude", das Programm welches den AVR flasht, weiter Fehlermeldung ausgeben. Kannst du da noch mal nachschauen, ob du dazu mehr raus bekommst ?