Hallo windsurfer100,

einfach geht es mit avrdude.
Dieses Programm liegt der E2000 Software bei.
Die wichtigen Dinge stehen in der Befehlszeile.
Diese sieht bei einem 644er der E2000 Serie so aus

C:\E2000-Logik_2.2.1c\tools\isp>avrdude -p m644 -b 115200
-c avr910 -P COM1 -e -U lfuse:w:0xff:m -U hfuse:w:0xd9:m -U efuse:w:0xfc:m -U flash:w:E2000-NET-IO.hex

1. C:\E2000-Logik_2.2.1c\tools\isp ist der Programmpfad wo avrdude sich befindet
2. m644 ist der ATMega644
3. avr910 ist der Programmer von E2000
4. com1 ist die Schnittstelle des Programmers
5. lfuse:w:0xff:m -U hfuse:w:0xd9:m sind die Fusebit die gesetzt werden
6. E2000-NET-IO.hex ist die hex-Datei die geflasht wird

Auf Deinen Programmer bezogen müsste

3. avrispmkII statt avr910 ??
4. usb statt com1
stehen.

Alles andere wie Dateiname und Programmverzeichnis musst Du auf deine Pfade einstellen.

Den Chip in das Evaluationsboard, ISP-Programmer angeschlossen, Versorgungsspannung drauf
Und schon kann es losgehen.
Im Verzeichnis von avrdude gibt es eine avrdude.conf, da kannst Du alle Programmer einsehen die unterstützt werden.
Das ganze geht natürlich über die Kommandozeile oder eine Batch-Datei.
Vielleicht hilft es Dir weiter.

Gruß
Atmega1284