Du kannst diesen Befehl benutzen

avrdude -p m644 -c USBasp -P USB -e -U lfuse:w:0xff:m -U hfuse:w:0xd9:m -U efuse:w:0xfc:m -U flash:w:E2000-NET-IO.hex

Die E2000 Firmware ist eigentlich für den ATmega644 und nicht für den 644p. Du kannst m644 auf m644p ändern, dann meckert avrdude nicht mehr. Da die MCUs sehr sehr ähnlich sind sollte die E2000 trotzdem laufen.