Hallo,
das klingt doch alles schon sehr gut. Ich würde zuerst mal die Leiterbahnen vom Bus zum max485 und von dort zum Atmega 644 prüfen ob alle Pins sauber verlötet sind und die Verbindung gut ist. Was sind das andere für Module. Hast Du noch ein 22fach. Dann könntest Du den Prozessor darauf mal testen. Verändert sich das Blinken wenn Du anfängst mit dem Raspi das Modul zu suchen ❓
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Gruß
Manfred