ich habe deine Logik nochmal getestet. Der Raspi ist einfach zu langsam um das auszuführen.
Du bräuchtest meiner Meinung nach einen Raspi für GPIO und einen mit IRCP für den Rest.

Ich hab dir mal meine Testlogik hier angehängt. Es ist nur ein GPIO und 10 Weektimer ohne Verknüpfung.
Mach die mal drauf und starte sie. Schau dir dann mal die Geschwindigkeit an ohne dass der Raspi was arbeiten muss.

Gruß
Manfred
