Versuch mal die Firmware neu auf den µC zu schreiben, wenn das nicht hilft, hat der 644 wohl 'ne Macke.

Selber erlebt:
Zähler machten blödsinn, nach Abschalten war das Programm weg.
War nichts zu machen, der neue AtMega war einfach hin.
Selbes Board, anderer µC, alles gut.

Gruß
Alien1920