Hi,
ich arbeite mit AVR Studio 5, so ein fehler ist mir bis jetzt noch nicht aufgefallen, eventuell solltest du es mal mit der 5er versuchen.
Den EEPROM kann man mit AVR Studio auch auslesen und auch das Device löschen, müsste man mal Testen ob da was im EEPROM zurück bleibt.
Gruß
Heidos