Danke für den Hinweis. Das hatte ich auch erst in Verdacht, konnte das aber ausschließen, da das Verhalten auch bei zwei weiteren Mega644 auftrat.

Aber ich habe den Fehler gefunden. Man sollte doch lieber mit der Grippe im Bett bleiben und nicht mit dickem Schädel versuchen was rum zu basteln.
Ich hatte beim meiner Testschaltung im Arbeitszimmer keine Pulldown Widerstände an den Eingängen INPUT 5 bis 8 auf dem E2000-Net-IO Board angeschlossen. Diese Eingänge sind ja eigentlich für Analogsignale gedacht. Ich missbrauche sie aber als digitale Input´s. Hierdurch kam es zu undefinierten Zuständen an den Eingängen und ich vermute, dass sich somit die Software verrannt hat.
Nun habe ich je Eingang einen 270 Ohm Widerstand gegen Masse geschaltet und siehe da, alles läuft wie es soll.

Ich hau mich nun lieber mal erst wieder auf die Couch und kurier meine Grippe aus, bevor ich hiermit weiter mache.

Trotzdem Danke für die schnelle Antwort.