Die E2000 Software benutzt avrdude zum flashen der Chip. Hier im Forum gibt es schon sehr viele Einträge, wie man avrdude über die Commando-Zeile (DOS-Fenster) auch mit verschiedenen Programmern benutzt.
Du must nur schauen welche Fuse-Bits Einstellungen du brauchst.
Fuse-Bit Calculatoren gibt es auch im Internet.