Der Mega8 wird mit 5V betrieben und gibt auch an den Ausgängen die 5V aus, die 3,3V sind nur am Raspi und werden dann bestimmt über einen Pegelwandler gehen.
Bzw hast du ja sowieso die Busverbindung über den RS485, es wird ja nichts direkt am Raspi betrieben.

Gruß
Heidos