So hab jetzt meinen ATMEGA644 mit AVR Studio geflasht und es funktioniert alles!
Über E2000-Logic ging das Flashen nicht, ist aber egal.
E2000-NEI-IO-Control für android geht bei mir auch, hab zwar nur kurz die Logic aufgespielt und noch nicht ausgiebig getestet aber es sieht schon mal gut aus. Danke E2000 Team!
Jetzt warte ich nur noch Updates
Kann man irgendwie den Port ändern z.B wenn man mehrere Boards verwenden will?

Gruß
Konstantin