Hallo nochmal,
Eine ganz dumme Frage noch, wie stark ist dein Netzteil. Nicht dass dir mit der Spannung was passiert? Der Pi3 braucht ja mehr Strom.
Wie sieht die Verkabelung aus? Ist das Ganze nur testweise auf dem Tisch aufgebaut oder sind schon lange Buskabel dazwischen? Hast du die Abschlusswiderstände eingeschaltet? Wenn ja, welche ?
Gibt es neben den Busleitungen etwas was stören kann ? Ich denke beim Pi3 ist auf dem Bus ja mehr los, da er schneller ist daher ist er wohl auch empfindlicher.
Schick Trophy auch noch die config.txt, er kann sich die Konfiguration auf jeden Fall mal ansehen
Schick doch einfach mal ein paar Bilder von deinem Aufbau.

Gruß und schönes Wochenende
Manfred