Hallo Jürgen,
das sind wirklich viele Fragen auf einmal. Wie das eben so ist, Programmierer und Techniker schreiben immer die schlechtesten Bedienungsanleitungen weil Sie eben zu viel Wissen als selbstverständlich voraussetzen. Die einfachsten Sachen werden da oft vergessen zu erwähnen.
Also, um zu starten und für alles weitere offen zu sein brauchst du entweder ein Add-Board oder ein Starterboard.
Das Add-Board stellt dir erst mal die Schnittstelle zum e2000 Bus zur verfügung. Daran musst du dann weitere Module anschließen und den Bus dort hin ziehen wo du die Aktoren brauchst. Somit muss nicht jede Leitung zum Raspi gezogen werden.
Das Starterboard beinhaltet ein Add-Board, hat aber zusätzlich noch 8 Relais als Ausgänge und 8 Relais als Eingänge drauf um direkt mit dem GPIO loszulegen und erst später mit dem Bus zu erweitern. Dazu müssen die Ein und Ausgänge aber zum Standpunkt des Raspi verdrahtet werden. Es sind also auch nur digitale Ein-und Ausgänge auf dem Board. Erweiterbar über den Bus ist es aber genau wie das Add-Board.
Die einzelnen Modulbeschreibungen habe ich letzte Woche überarbeitet. Bitte lies dir mal durch was welches Modul kann und ob du mit der Beschreibung zurecht kommst. Bin für Anregungen immer offen.
Die Logiksoftware beinhaltet Virtuelle Eingänge. Damit kannst du Softwaretaster oder Schalter erzeugen um von der App oder über die Weboberfläche des Raspi im Bedienpanel die Eingänge zu schalten.
Die virtuellen Ausgänge musst du am Ausgang des Relais oder eines analogn Sensors anschließen in der Logik. Nur dann kannst du den Zustand oder Wert im Bedienpanel der Webschnittstelle sehen. Wenn du in der Weboberfläche auf Live View gehst, siehst du die Logik und ihre Verbindungen. Somit kannst du auch die Verbindung zum virtuellen Out sehen und erkennen ob er auf logisch 0 oder 1 steht. Ohne v-Out gibt es ja keine Verbindung die rot oder blau werden kann.

Deine Hardwarefrage zum GPIO Tasterabfragen ist auch klar zu beantworten. Der Raspi arbeitet mit 3,3V. Die sind empfindlich und sollten nicht irgendwo hin gezogen werden. Deshalb die Trennung durch Hardware. Schau dir mal die Schaltbilder an

Hoffentlich bringt das etwas Licht ins Dunkel.
Man muss etwas herumspielen dann wird das auch noch etwas klarer.
Einfach weiter fragen bei Unklarheiten.

Gruß
Manfred