Du flashst auf alle Atmega Module (egal welche Funktion es später hat) den Atmega 8 bootloader.

Beim Anlernen an den Raspberry erkennt der Raspi über die Hardwarecodierung, um was für ein Modul es sich handelt und bringt die richtige firmware auf das modul.
Am besten liest du dir dazu noch die Anleitung durch, damit da nichts schief läuft...
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Desto mehr ich weiß, weiß ich, das ich nichts weiß!